New York legmenőbb állatkerti lakói megszokták a kényelmet: Alex, a ragyogó mosolyú oroszlán, Marty, a kalandvágyó zebra, Gloria, a víziló-díva és Melman, a kissé hipochonder zsiráf napjaikat rajongó látogatók és biztos vacsoraidő között töltik. Egy félresikerült kaland után a Central Parktól egyenesen Madagaszkár vad és kiszámíthatatlan dzsungelébe csöppennek.

A szél felkorbácsolja a hullámokat a Szélkirálynő előtt, a horizonton pedig egy titokzatos sziget tűnik fel… De vajon barát vagy ellenség vár a parton? Ferrit-sziget mesés tájai mögött váratlan csapdák, furcsa teremtmények, furfangos ellenfelek és egy kegyetlen úrnő leselkedik, aki nem tűri a hívatlan vendégeket.